Lehdistössäkin ennakkohehkutusta osakseen saanut Prototype kertoo Alex Mercerin tarinan – miehen, jota menneisyys vainoaa ja joka käy salaista sotaansa New York Cityssä. Toiminta kuitenkin karkaa käsistä ja hänen historiaansa liittyvä salaliitto uhkaa ihmiskunnan kohtaloa. Mercerin uskomattomat muodonmuutoskyvyt antavat hänelle kyvyn muuttua muiden kopioiksi ja varastaa muiden voimia, mutta riittääkö se estämään edessä siintävän, varmalta vaikuttavan kohtalon?
