Kajin uskollisuus ulkopuoliselle taholle käy ilmiselväksi, kun petoksia ja paljastuksia nousee esiin kaikkialla NERV:ssä. Shinjin horjuvat kyvyt muuttuvat kuolettaviksi, kun uusi Enkeli hyökkää ja imee sisäänsä Yksikkö 01:sen! Vankina sen sisällä, Shinjin mieli alkaa luhistua hallusinaatiosarjojen hyökätessä hänen mielenterveyttä vastaan… ja jos hän ei onnistu vapauttamaan itseään, Ritsuko määrää hänet tuhottavaksi! Sillä välin mystisen Neljänne lapsen etsinnät alkavat, samalla kun uusi Evan sukupolvi valmistellaan laukaisuun!