Final Fantasy VI:n maailmassa magia on kadonnut unohduksiin kauan sitten, ja suurin mahti on huipputeknologiaa omaavalla sotaa lietsovalla Imperiumilla (Empire). Tapahtumat lähtevät liikkeelle, kun Imperiumin orjuuttama, taikuuteen kykenevä Terra-tyttönen pääsee vapaaksi ja liittyy yhteen aarteenmetsästäjä Locken ja Figaron valtakunnan nuoren kuninkaan, Edgarin kanssa. Alkaa huima seikkailu, jossa käänteitä ja yllätyksiä riittää, mutta kenellekään ei liene kuitenkaan yllätys, että lopulta maailman kohtalo on jälleen kerran vaakalaudalla.