Red Alert 3:ssa jokaisella kolmesta ryhmittymästä on oma, tarinapohjainen kampanjansa. Niissä on mukana co-op-tehtäviä, jotka keskittyvät pelkästään hyökkäysten koordinointiin ja strategoiden kehittämiseen yhdessä liittolaisen kanssa. Pelaaja voi liittoutua netin välityksellä kaverinsa kanssa ja pelata näin läpi koko kampanjan, tai ottaa puolelleen yhden yhdeksästä koneen ohjaamasta komentajasta. Jokaisella on omat persoonallisuutensa ja tapansa pelata.
