Shadow of Memories alkaa sitä mihin useimmat pelit loppuvat, pelin sankari Eike kuolee. Kun hänen elämänsä haihtuu pois ruumista, mystinen ääni kertoo hänelle, että kohtaloa voi muuttaa. Eike tarttuu tähän tilaisuuteen huijata kohtaloaan. Eike matkustaa ajassa taaksepäin ja hänen on selvitettävä mysteeri siitä kuka hänet tappoi. Yhteen kysymykseen ei ole vielä vastattu, kun Eike muuttaa kohtaloaan, muuttuuko myös muitten hahmojen kohtalo vai kirjoittaako historia itsensä uudelleen?