Sirianilta peräisin oleva hylätty emoalus lähettää merkillisiä singaaleja menneisyydestä. On vain yksi mies, jonka aseistus sallii matkaamisen ajassa taaksepäin tutkimaan asiaa ja tämä mies on Serious Sam. Jos kyseinen tehokas aikamatkustuslaite joutuu Mentalin mutanttivoimien käsiin ennen kuin Sam ehtii väliin, se on ihmiskunnan loppu!