Panzer Dragoon Orta: Kauan sitten syntyi taivaita hallinnut legenda. Ajan kuluessa ja muistojen haalistuessa historia muuttui muistoiksi. Ihmiskunnan suuruus on nyt kohdannut tiensä pään. Vuosien tuhoisat taistelut ovat jättäneet jäljelle vain pieniä palasia sivilisaatiosta. Ihmiskunta hoippuu sukupuuton partaalla hajaantuneena eri puolelle kolkkoa maata. Meneillään on historian pimein ajanjakso. Uusi keisarikunta hallitsee rautaisella otteella. Joukko kapinallisia ryhtyy yrittämään vallankumousta, jotta ihmiskunta voisi ottaa kohtalonsa jälleen omiin käsiinsä. Kun maailma on hukkumaisillaan sodan liekkeihin, ihmiskunnan ainoa toivo on hieman vastentahtoinen sankari.