Ohjaa Ryu Hayabusaa hänen tehtävässään kostaa klaaninsa puolesta ja estää ihmiskunnan tuhoutuminen. Auta ninja-aseilla varustautunutta Ryuta liikkumaan taitavasti uskomattoman vaarallisessa maailmassa.
Ninja Gaiden 2:ssa on aivan uusi pelimoottori, uusi automaattinen toimintakunnon palautusjärjestelmä, tasoja, seikkailuja, vihollisia ja kiihkeää taistelua laajan ninja-asevalikoiman avulla. Se on huippusuositun pelisarjan uusi kehitysaskel.