X-Men Legends on ainoa eeppinen toimintaroolipeli missä pelaaja valitsee ja muokkaa haluamaansa X-Men ryhmää, ja ensimmäistä kertaa saa kokea X-Menin suurimman vahvuuden: työskentelyn yhdessä suojellakseen ihmiskuntaa. Tarina alkaa kun X-Men huomaa että Magneto, heidän arkkivastustajansa, on punonut juonen millä mutantit saisivat viimeinkin yliotteen ihmisistä. X-Men joutuu taistelemaan Magneton Mutanttien Veljeskuntaa vastaan estääkseen maailmanlaajuisen kaaoksen ja vapauttaakseen ihmiskunnan. Pelastaakseen maailman tältä kohtalolta, pelaaja valitsee ryhmänsä liki kahdesta kymmenestä suositusta X-Men hahmosta, kuten Wolverine, Gambit ja Storm, ja luo, muokkaa ja ohjaa neljää niistä toiminnan keskellä. Tarinaa on ollut kirjoittamassa samoja naamoja kun on kirjoittanut alkuperäisiä X-Men sarjakuviakin joten luvassa on mukaansa tempaava seikkailu ja legendaarisia taisteluja.