Onnistuit eliminoimaan Syphon Filter -viruksen ja estämään miljoonien ihmishenkien tuhon. Pakenit viraston kourista ja paljastit sen todellisen luonteen. Nyt on tullut aika hoitaa homma loppuun saakka kerta kaikkiaan ja perin pohjin. Maksoi mitä maksoi. Mutta muista, että sinun on kohdattava menneisyys, ennen kuin voit suuntautua tulevaisuuteen! Astu jälleen kerran Syphon Filter -draamaan. Valitse pelihahmoksesi Gabe Logan, Lian Xing tai Theresa Lipan ja selvitä heidän menneisyytensä salaisuudet. Matkusta Tokioon, Panamaan, Afganistaniin ja Costa Ricaan pelin selkäpiitä karmivan jännittävissä tehtävissä. Sinun on piiloteltava, taisteltava, tuhottava ja murhattava, jos haluat onnistua tehtävässäsi.