Prince Of Persia 3:ssa prinssi palaa Ajan Saarelta Babyloniin rakkaansa Kaileenan kanssa vain löytääkseen sen olevan pullollaan Ajan hiekan riivaamia otuksia. Lisäksi valtakunta on kääntynyt häntä vastaan. Prinssi joutuu pian vangiksi, eikä Kaileenalla ole muuta vaihtoehtoa kuin uhrata itsensä ja päästää Ajan Hiekat valloilleen pelastaakseen Prinssin. Kaduille ajettuna ja metsästettynä vankikarkurina Prinssi saa pian selville, että menneisyyden taistelut ovat synnyttäneet tappavan Pimeän Prinssin, jonka henki ottaa hänet vähitellen valtaansa…

Prinssillä on upouusia hiiviskelyliikkeitä. Hän voi esim. laskeutua korkeuksista katkaisemaan pahaa-aavistamattoman vihollisen kaulan ja vetää Daggertail -ketjuaseellaan vihollisen mukanaan ylös ja tämän jälkeen vielä katkaista vihollisen kaulan. Hurjat taistelut Warrior Withinistä tuttuja valtavia vihollisia vastaan ovat palanneet.

Uutta PoP3:ssa on vaunuilla ajo. Ajaessaan prinssi kiitää pitkin Babylonian kapeita kujia vaaranaan häntä vaunuilla takaa-ajavat, teiden varsilla väijyvät ja ylikulkusilloilta loikkivat hiekkasoturit. Ajamiskohtaukset saavat adrenaliinin nousemaan ja se onkin kätevä tapa liikkua valtavassa Persian metropolissa.