Mega Man Star Force -pelissä pelaajat tutkivat kaupunkeja ja ovat vuorovaikutuksessa oikean maailman ihmisiin, kun taas kaikki toimintapainotteiset taisteluosuudet keskittyvät virtuaaliseen Aaltomaailmaan. Viholliskohtaamiset tapahtuvat 3 x 5 ruudun kokoisella kartalla isometrisestä kuvakulmasta tarkastellen ja itse taistelut tapahtuvat taistelukorttien (battle cards) käytöllä, joista jokaisella on omat ominaisuutensa ja hyökkäysvoimansa.

Tarinan edetessä uusia kortteja tulee lisää ja näin myös kyky- ja korttiarsenaali kasvaa hiljalleen, heijastaen samalla jokaisen pelaajan henkilökohtaista pelityyliä. Pelaajat voivat myös ottaa langattomasti yhteyttä kavereihinsa ja luoda Brother Band -verkoston, jossa voidaan vaihtaa kortteja ja saada status-päivityksiä.