Kohtalo on ottanut pahan käänteen Icon elämässä.

Hän on joutunut vangiksi valtavaan sortumaisillaan olevaan linnaan, joka huojuu jyrkän kielekkeen partaalla.
Icon vangitsijat aikovat tehdä linnasta pysyvän kodin Icolle. Mutta Ico ei ole yksin, sillä kauan sitten linnaan vangittiin myös nuori tyttö nimeltä Yorda, joka on virunut linnassa vuosikausia kärsien yksinäisyydestä ja syvästä surusta. Mutta Icon rohkaisemana Yorda alkaa uskoa, että he voivat löytää tien ulos linnasta. Icon tarttuu Yordaa kädestä ja yhdessä he lähtevät tavoittelemaan vapautta.

Pian he kuitenkin huomaavat, että linnavankilasta ei ole helppo paeta. Synkistä nurkista ilmestyy varjomaisia henkiä, jotka yrittävät epätoivoisesti raahata Yordan takaisin pimeyteen. Kaikki kierreportaat, jokainen nariseva ovi ja korkeuksiin kohoava pylväs on osa isoa palapeliä. Jokainen soihtu ja valonsäde tuo näkyviin vain uuden arvoituksen.