Forbidden siren 2 on karmaiseva tarina, joka sijoittuu Yamijiman saarelle. Peli alkaa, kun ryhmä hahmoja ajautuu saaren rantaan heidän laivansa jouduttua myrskyn kouriin. He eivät tiedä, että 29 vuotta aikaisemmin saaren kaikki asukkaat katosivat salaperäisellä tavalla.