Bubble Bobble Evolution vie tunnetun tasohyppelypelin uuteen ulottuvuuteen esittelemällä kaikenlaisia uutuuksia uusista kuplatyypeistä uusiin ympäristöihin, vaaroihin ja tehtäviin.
Tarinatila kertoo klassisen tarinan kahdesta veljeksestä (Bub ja Bob), jotka on ilkeä vihollinen on muuttanut kuplia puhaltaviksi dinoiksi. Mutta nyt peli sijoittuu kahteen Towers of Entertainment -viihdetorniin, joiden ympyränmuotoiset kerrokset muodostavat pelin tasot.
Pelissä on yhdelle akselille laitettu kolme näyttöä, joiden välillä pelaaja voi liikkua. Jännityksen lisäämiseksi peliin on lisätty tehtäviä ja pelaajien on tutkittava tasot tarkkaan muilla tasoilla tarvittavien esineiden löytämiseksi. Tehtävät ovat erilaisia muunnostehtäviä, kuten tulen löytäminen jääesteen sulattamiseksi ja taimen kasteleminen, niin että se täyttää puuttuvan tason jättämän aukon. Näissä näytöissä ovat Bubble Bobblen peruselementit: Hirviöt ja kuplat…