Tulevaisuus on yhtä sotaa, tällä kertaa kemiallisen sodankäynnin turmelemalla planeetalla. Kun geenisotilaiden iskujoukko joutuu petoksen uhriksi ja tapetaan viimeistä miestä vaille, ei jää kuin yksi vaihtoehto: kosto!

Rogue Trooper on yhden miehen armeija, mutta pelaajan ei tarvitse tapella yksin. Tapetuista kavereista kerätyt biosirut siirsivät näiden tietoisuudet hänen varusteisiinsa. Näin esim. ryhmän kk-ampuja jatkaa taisteluaan päähenkilön aseessa. Hakkerikypärän voi antaa tiirikoida lukkoja sillä aikaa kun itse taistelee muualla ja konekiväärin voi jättää vartioimaan selustaa. Trion täydentää Bagman-reppu, joka huolehtii pelaajan lääkitsemisen ja aseiden lataamisen ohella myös kehitystyöstä. Romuraudasta ja vihollisten ruumissa kerättävät raaka-aineet muuttuvat uusiksi aseiksi ja ammustyypeiksi.

Taistelu on melko lineaarista puuhaa. Rogue Trooperilla on päätavoite, johon päästääkseen hänen tulee suorittaa useita tehtäviä, kuten räjäytellä voimalaitoksia tai sabotoida laskeutumisalustoja. Ympäristöä voi käyttää usein aseena. Vihollisen tekoäly on tavallista laadukkaampaa. Rogue Trooperilla on käytössä monipuolinen arsenaali joka sisältää vaimennettavan rynnäkkökiväärin ohella palokranaatteja, miinaparvia ja paljon muuta. Pelin pääpaino on hiiviskelyä mutta halutessaan voi saada aikaan hirvittävää tuhoa. Mainiot moninpeli -yhteistyötehtävät joko jaetulla ruudulla tai Xbox Liven kautta.