On vuosi 2531, kaksikymmentä vuotta ennen Halo Combat Evolved -pelin tapahtumia, ja Covenant on löytänyt jotain Harvest-planeetalta. UNSC:n alus “Spirit of Fire” lähetetään tutkimaan ja pysäyttämään vihollisen aikeet. Miehistön löytö saattaa olla ainoa asia, joka estää ihmiskunnan varman tuhon Covenantin käsissä.

Komenna suuria armeijoita, johda heidät taisteluun, ohjaa jokaista liikettä ja saavuta yliote taistelussa käyttämällä heidän taitojaan hyväksesi. Tarjolla on rajattomasti strategioita.