Batman – Arkham Asylum vie pelaajat pimeään ja mukaansatempaavaan seikkailuun Arkham Asylumin syvyyksiin. Tässä Gothamin psykiatrisessa sairaalassa säilytetään pakkohoitoon tuomittuja rikollisia. Pelaajat liikkuvat varjoissa tutkien vihollistensa pelkoja. He kohtaavat Jokerin ja Gotham Cityn pahamaineisimmat rikolliset, jotka ovat ottaneet vankilan haltuunsa. Pelaajista tulee näkymättömiä saalistajia heidän yrittäessään paljastaa Jokerin kavalan suunnitelman, sillä he käyttävät Batmanin välineitä ja kykyjä.