Jak on palannut. Pitkäkorvainen sankarimme Jak ja hänen karvainen kumppaninsa Daxter palaavat uudessa futuristisessa vapaamuotoisessa seikkailussa, mutta Jak on muuttunut… Jak II jatkaa siitä, mihin edellisessä pelissä jäätiin. Parivaljakkomme astuu aikaportaalin läpi ja joutuu heti melkoisiin vaikeuksiin. Punapukuiset pahikset pidättävät Jakin salaperäisen paroni Praxisin käskystä, mutta Daxter pääsee karkuun ja alkaa etsiä apua kaverinsa vapauttamiseksi. Pari vuotta myöhemmin Jak pääsee vihdoin vapaaksi kuhnailevan pikkuystävänsä avustuksella, ja he alkavat etsiä hyvitystä Jakin kokemalle vääryydelle ja tietä takaisin omaan aikaansa.