Solid Snake palaa PS2:lle pelissä Metal Gear Solid®2: Substance, – Metal Gear Solid®2: Sons of Liberty? -pelin parannetussa versiossa uusine pelitiloineen, piilotettuine hahmoineen ja kehittyneine juonineen. Huippusalaista asetekniikkaa kuljetetaan salaa öljysäiliölaivassa tuntemattomaan määränpäähän. Snaken tehtävä on soluttautua mukaan ja estää tätä kuolettavan vaarallista massatuhoasetta joutumasta vääriin käsiin apunaan uusia aseita, tarvikkeita ja viekkaita liikkeitä.