Viisitoista vuotta useita palkintoja voittaneen Deus Exin tapahtumien jälkeen maailma on vasta alkamassa toipua katastrofimaisesta lamasta. Terrorisminvastaisena eliittiagenttina pelaajan täytyy taistella lukuisia sotilaallisia ryhmittymiä vastaan, jotka ovat päättäneet muokata väkivaltaisesti maailman heidän omien mieltymystensä kaltaiseksi. Huipputeknisten vempaimien ja futuristisen kehonmuokkaamisen (eli biomodien) avulla pelaaja on saanut lähes yli-ihmisen voimat. Matkusta ympäri maailmaa ja paljasta pirullisia juonia, joilla maailma aiotaan ottaa hallintaan. Paljasta salaliittolaisia ja selvitä shokeeraava totuus omasta alkuperästäsi.