Seikkailu jatkuu täysillä siitä mihin se ensimmäisessä DVD:ssä päättyi. Sankarimme Jubei, Shigure, Dakuan ja Tsubute ovat päättäneet löytää vastaukset kysymyksilleen.
Mutta Lohikäärmekiven ja kadonneen dynastian perässä ei ole ainoastaan Kimonoklaani, vaan myös Hiruko-klaanin edustajat. Molemmat ovat entistä epätoivoisempia etsinnöissään ja veriset yhteenotot ovat pian edessä. Kimonoklaani kohtaa matkallaan myös nuoren varkaan, Tatsunosuken ja äärimmäisen vaarallisen ninjan, Nemnun.

Ninja Scroll -sarja perustuu vuoden 1993 elokuvaan Ninja Scroll: The Wind Ninja Chronicles. Elokuva vuorostaan pohjautui samannimiseen sarjakuvaan.